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[1]王培育 林争春 王丛巧 高玉莹 陈裕坤 叶炜 赖钟雄** 林玉玲 **.文心兰15个miRNAs及其候选靶标的表达特性[J].应用与环境生物学报,2019,25(03):1-14.[doi:10.19675/j.cnki.1006-687x.2018.08018]
 WANG Peiyu,LIN Zhengchun,WANG Congqiao,et al.Expression characteristics of 15 miRNAs and their candidate Target Genes of Oncidium hybridum[J].Chinese Journal of Applied & Environmental Biology,2019,25(03):1-14.[doi:10.19675/j.cnki.1006-687x.2018.08018]
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文心兰15个miRNAs及其候选靶标的表达特性()
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《应用与环境生物学报》[ISSN:1006-687X/CN:51-1482/Q]

卷:
25卷
期数:
2019年03期
页码:
1-14
栏目:
研究论文
出版日期:
2019-06-25

文章信息/Info

Title:
Expression characteristics of 15 miRNAs and their candidate Target Genes of Oncidium hybridum
文章编号:
201808018
作者:
王培育 林争春 王丛巧 高玉莹 陈裕坤 叶炜 赖钟雄** 林玉玲 **
福建农林大学园艺植物生物工程研究所 福州 350002
Author(s):
WANG Peiyu LIN Zhengchun WANG Congqiao GAO Yuying CHEN Yukun YE Wei LAI Zhongxiong **& LIN Yuling**
Institute of Horticultural Biotechnology, Fujian Agriculture and Forestry University , Fuzhou 350002 , China
关键词:
文心兰miRNAs软腐病靶标表达分析
Keywords:
Oncidium hybridum miRNAs soft rot targets expression analysis
DOI:
10.19675/j.cnki.1006-687x.2018.08018
摘要:
为了解miRNAs及其候选靶标在文心兰不同组织部位及假鳞茎受软腐病病原菌侵染中的表达规律,本试验基于文心兰转录组和miRNA数据库进行分析,从中筛选获得15个miRNAs,结合生物信息学法对其候选靶标进行预测和功能注释,并利用实时荧光定量技术检测miRNA及候选靶标在文心兰不同组织部位和假鳞茎受软腐病病原菌侵染的表达情况。结果表明,基于文心兰miRNA数据库的miRNA reads分析,提示15个miRNA不同成员可能在文心兰正常植株和感病不同阶段中的差异表达。psRNATarget靶标预测显示,文心兰15个miRNAs有828个候选靶标,其中67个可能与抗病相关,包括丝氨酸/苏氨酸-蛋白、F-box蛋白基因、锌指蛋白、RGA抗病蛋白等。文心兰miRNAs读取次数(reads)和基于Unigene候选靶标RPKM值发现miRNA及其候选靶标在文心兰正常植株和假鳞茎不同感病时段表达均存在差异。实时荧光定量PCR分析显示,在文心兰不同组织部位中,miR159a、miR167b、miR168a、miR169a、miR171a和miR172a均在假鳞茎和叶中均大量表达,并与对应候选靶标的表达呈负调控关系,推测它们参与假鳞茎和叶的发育和形态建成。在软腐病病菌侵染文心兰假鳞茎中,miR159a、miR168a、miR169a、miR171a和miR172a在8 h处理时表达量高,并且与对应的候选靶标在侵染0-8 h表达呈负调控关系,推测上述miRNAs通过负调控候选靶标在中期响应软腐病病原菌侵染过程;而miR167b在处理0 h高表达,并且与候选靶标在侵染0-8 h表达呈负调控关系,推测其通过下调表达参与软腐病病原菌侵染过程的响应。上述研究表明,文心兰miRNAs通过介导候选靶标的裂解可能广泛参与文心兰不同组织的发育及软腐病病原菌侵染过程的响应。
Abstract:
To investigate the response mode of miRNA and candidate target genes in the disease resistance process of Oncidium. In this experiment, the transcriptome data and miRNA database of Oncidium leaves infected by soft rot (normal, mild, severe infection) were analyzed, and 15 miRNAs were screened out, and predicted their candidate targets and functional annonation by bioinformatics analysis, real-time quantitative PCR analysis was applied to clarify the expression of miRNAs and their candidate targets in different tissues and pseudobulb s infected by soft rot. miRNA reads analysis based on Oncidium miRNA database suggested that different members of miRNAs might have different functions in normal plants and different stages of Oncidium susceptibility.?

相似文献/References:

[1]高玉莹,白玉,时欢,等.文心兰‘南茜’谷氧还蛋白基因克隆定位及表达[J].应用与环境生物学报,2018,24(03):533.[doi:10.19675/j.cnki.1006-687x.2017.08040]
 GAO Yuying,BAI Yu,SHI Huan,et al.Cloning, subcellular localization, and expression of a glutaredoxin (OnROXY1) in Oncidium ‘Gower Ramsey’[J].Chinese Journal of Applied & Environmental Biology,2018,24(03):533.[doi:10.19675/j.cnki.1006-687x.2017.08040]

备注/Memo

备注/Memo:
收稿日期 Received: 2018-08-17 接受日期 Accepted: 2018-09-10
*福建省科技重大专项专题(2015NZ0002-1);福建农林大学科技创新基金(KF2015108、CXZX2017189)资助??
**通讯作者 Corresponding author (E-mail: Laizx01@163.com; buliang84@163.com)
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更新日期/Last Update: 2018-11-19